MAXAID
MAXAID
PYXAID是由Oleg V. Prezhdo和Alexey V. Akimov共同开发的优秀非绝热分子动力学软件,在凝聚态体系的激发态动力学模拟中得到了广泛应用。随后,Alexey V. Akimov开发的Libra进一步拓展了相关方法体系。此外,Hefei-NAMD、NEXMD、SHARC和Newton-X等软件也在激发态动力学研究中得到了广泛应用,并表现出良好的性能。
在此基础上,本项目开发了MAXAID,一个基于MATLAB平台的轻量化重构版本。该实现同样基于原程序的代码逻辑进行重新实现,并采用简洁的单文件结构,强调程序的可读性与易用性,便于快速实现、测试和比较不同的非绝热动力学模型与改进策略。在功能上,MAXAID继承了电子-核运动耦合理论框架,并引入了包括SDM在内的改进表面跳跃方法,从而增强了对非绝热过程的描述能力。依托MATLAB的可视化与交互优势,MAXAID特别适用于方法开发、教学演示及原型验证,同时支持多平台环境下的快速部署与二次开发。
使用方法
可以在MATLAB中打开并运行namd.m脚本,或在命令行中使用matlab namd.m运行。
引用
这是PYXAID的原始文献:
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Akimov A V, Prezhdo O V. The PYXAID program for non-adiabatic molecular dynamics in condensed matter systems. Journal of Chemical Theory and Computation, 2013, 9(11): 4959–4972.
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Akimov A V, Prezhdo O V. Advanced capabilities of the PYXAID program: integration schemes, decoherence effects, multiexcitonic states, and field–matter interaction. Journal of Chemical Theory and Computation, 2014, 10(2): 789–804.
本工作:
To be added after the paper is officially published.