IMoD

逆向分子设计（Inverse Molecular Design, IMoD）

使用方法

• ./example目录包含论文中的三个完整示例数据集：energetics、BACE、permeability。

• 若迁移至自定义数据集，请将Sequence_v1.2.py、Diffusion_v1.2.py与D.csv放置在同一目录下。可通过修改DATA_CSV = "D.csv"更改文件名。D.csv必须包含两列：SMILES：分子表示，D：目标性质。标签列名匹配规则可修改r"(^|[^A-Za-z])D([^A-Za-z]|$)|label|target"。

• 运行命令分别为python Sequence_v1.2.py和python Diffusion_v1.2.py。

• Sequence_v1.2.py和Diffusion_v1.2.py中的TARGET_D表示期望生成分子的目标性质值。在Diffusion_v1.2.py中，GRAPH_N_MAX和GEODIFF_N_MAX应设置为最大原子数（包含加氢后的结构），GRAPH_ATOMS表示所考虑的元素种类。

• ./smiles_check目录下的文件smiles_check_v6.py是一个自动化后处理脚本，用于对生成的分子结果进行筛选与可视化。该脚本从 generated_with_pred_MERGED_R5.csv中读取SMILES及预测性能指标D，筛选并排序D>9.4的分子（df = df[df[D_COL] > 9.4]），并基于RDKit 进行全面的化学合理性检验。此外，脚本还包含一个可选的新颖性过滤步骤：基于canonical SMILES匹配，删除已存在于 Dm.csv 中的分子；同时还提供一个由前端开关控制的可选最大环元数筛选（默认阈值为12）。具体检验内容包括：SMILES解析成功与SanitizeMol 校验、单一中性组分及可选的自由基限制、可选原子白名单筛选、分子原子数与重原子数范围限制、理化性质范围控制（包括MW、LogP、TPSA、HBD/HBA 和可旋转键数）、环数与芳香环数限制、PAINS结构警示筛选，以及合成可及性（SA）评分阈值筛选。

chemprop使用v1.6.1；Windows与Ubuntu调用方式不同，Sequence_v1.2.py与Diffusion_v1.2.py均兼容两种系统。

为避免仓库体积过大，./example目录未包含*.pt文件。如需对应的*.pt文件，可通过email（misaraty@163.com）联系获取，或自行重新运行生成。

引用

待论文正式发表后补充。