LAMMPS

misaraty 收录于学术

2025-12-23 约 304 字预计阅读 1 分钟

前言

LAMMPS是一款经典的分子动力学代码，专注于固态材料（金属、半导体）和软物质（生物分子、聚合物）等模拟。

下载

LAMMPS Stable Release

注意

除了源码安装，官方还提供Linux预编译版本和Windows版本。
建议源码编译，Intel MKL和MPI库编译的版本运行效率更高。

安装

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tar -zxvf lammps-stable.tar.gz
cd lammps-22Jul2025
mkdir build && cd build
cmake ../cmake -D CMAKE_BUILD_TYPE=Release -D BUILD_MPI=on -D CMAKE_C_COMPILER=mpiicc -D CMAKE_CXX_COMPILER=mpiicpc -D LAMMPS_EXCEPTIONS=on -D PKG_MANYBODY=on -D PKG_MOLECULE=on -D PKG_KSPACE=on
make -j 10

测试

课题组服务器

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#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=lammps
#SBATCH --partition=cpu3_q
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=32
							  
mpirun /opt/ohpc/pub/apps/lammps-22Jul2025/build/lmp -in in.melt

学校集群

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#!/bin/bash
#PBS -j oe
#PBS -N lammps
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -q new_c1
#PBS -l walltime=9999:00:00
							  
cd ${PBS_O_WORKDIR}
source /public/software/profile.d/compiler_intel-compiler-2017.5.239.sh
source /public/software/profile.d/mpi_intelmpi-2017.4.239.sh
cat $PBS_NODEFILE >> host.info
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
							  
mpirun -np '$NP' -machinefile '$PBS_NODEFILE' /home/student/soft/lammps-22Jul2025/build/lmp -in in.melt

注意

测试例子in.melt来源~/lammps-22Jul2025/examples/melt。

目录

LAMMPS

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测试