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VASP+NEB

misaraty 更新 | 2024-03-08
前言
简述VASP + VTST + NEB计算缺陷迁移动力学、反应路径、过渡态等。

前期准备

NEB计算

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  1. 计算缺陷迁移(反应路径、过渡态等类似)的始态和终态,relax计算,inifin两个文件夹。

  2. 运行dist.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR结果/0.8为需要插入的结构数,下文结构数以5为例。

  3. 运行nebmake.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR 5生成00~06这7个文件夹。接着,运行nebavoid.pl 1,确保没有原子间距小于1 Å的结构。

  4. 运行cp ini/OUTCAR 00/ && cp fin/OUTCAR 06/inifinOUTCAR复制到对应的0006文件夹内。

  5. 修改nebmovie.pl文件,

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#if($xyzflag==0){
#    unlink "movie.xyz";
#}

          运行nebmovie.pl,可得到moviemovie.xyz文件。

          movie.xyz可以通过ase gui movie.xyz查看,也可以通过Jmol查看,我倾向后者。

  1. ./ini./fin./00~./06的同级目录下放入INCARKPOINTSPOTCARjob.sh

          在relax的INCAR基础上修改,

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EDIFF = 1e-5
EDIFFG = -0.01
IBRION = 3
POTIM = 0
IOPT = 3
ICHAIN = 0
LCLIMB = .T.
IMAGES = 5
SPRING = -5
注意
job.sh中的vasp_std使用VTST编译的版本。

数据处理

屏显查看

运行nebef.pl

结果输出

运行nebbarrier.pl,生成neb.dat用于作图。


  1. VASP-VTST计算过渡态(NEB方法)具体过程 ↩︎

  2. 使用NEB方法计算反应路径 ↩︎

  3. vasp-vtst计算过渡态–NEB方法 ↩︎

  4. 过渡态理论以及Ammonia flipping计算实例 ↩︎