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Phonopy声子谱

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   约 536 字   预计阅读 2 分钟 
misaraty 更新 | 2022-01-21
前言
Phonopy是声子谱计算软件。

下载

注意
运行环境为Python2.7.x。

安装

  1. 修改.bashrc，
1
2
3
4
5

# python 2
export PATH="/THFS/home/longr/soft/anaconda2/bin:$PATH"
export PYTHONPATH=/THFS/home/longr/soft/anaconda2/lib/python2.7/site-packages
#phonopy
#export PATH=/THFS/home/longr/soft/phonopy-1.12.8.4/scripts:$PATH
  1. 运行，
1
2

python setup.py install --user #not root
python setup.py install #root

Force Calculators方法

1

phonopy -d --dim="2 2 2"

          运行build.py。

  1. 提交job.sh。

1

phonopy -f {001..072}/vasprun.xml

          生成FORCE_SETS。

  1. 修改mesh.conf，
1
2
3

ATOM_NAME = C    N    H    Pb   I
DIM = 2 2 2
MP = 1 1 1

          运行，

1
2

phonopy -p mesh.conf #生成total_dos.dat，遇到matplotlib报错正常，依旧生成dat文件。
python phonon_dos_plot.py #plot
  1. 修改band.conf，
1
2
3

ATOM_NAME = C    N    H    Pb   I
DIM = 2 2 2
BAND = 0.5 0.5 0.5  0.0 0.0 0.0  0.5 0.5 0.0  0.0 0.5 0.0

          运行，

1
2

phonopy -p band.conf #获得band.yaml
phonopy-bandplot --gnuplot band.yaml > band.dat #将band.yaml转为origin dat数据
注意
Total Time: 38.45 h

DFPT Force Constants方法

1

phonopy -d --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell

  1. 将SPOSCAR为POSCAR，提交job.sh。

1
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4

phonopy --fc vasprun.xml
phonopy --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell -p mesh.conf
phonopy --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell -p band.conf
phonopy-bandplot --gnuplot band.yaml > band.dat
注意
Total Time: 41.59 h
报错 
1
2

QXcbConnection: Could not connect to display 
Aborted (core dumped)
解决
上述错误信息请直接忽略。

文档

 vasp
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