Phonopy声子谱

misaraty 收录于学术

2019-04-17 约 961 字预计阅读 2 分钟

前言

Phonopy是声子谱计算软件。

第一版

下载

官方下载phonopy-1.12.8.4.tar.gz。
本文的安装及测试例子下载phonopy。

注意

运行环境为Python2.7.x。

安装

修改.bashrc，

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# python 2
export PATH="/THFS/home/longr/soft/anaconda2/bin:$PATH"
export PYTHONPATH=/THFS/home/longr/soft/anaconda2/lib/python2.7/site-packages
#phonopy
#export PATH=/THFS/home/longr/soft/phonopy-1.12.8.4/scripts:$PATH

运行，

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python setup.py install --user #not root
python setup.py install #root

Force Calculators方法

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phonopy -d --dim="2 2 2"

运行build.py。

提交job.sh。

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phonopy -f {001..072}/vasprun.xml

生成FORCE_SETS。

修改mesh.conf，

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ATOM_NAME = C    N    H    Pb   I
DIM = 2 2 2
MP = 1 1 1

运行，

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phonopy -p mesh.conf #生成total_dos.dat，遇到matplotlib报错正常，依旧生成dat文件。
python phonon_dos_plot.py #plot

修改band.conf，

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ATOM_NAME = C    N    H    Pb   I
DIM = 2 2 2
BAND = 0.5 0.5 0.5  0.0 0.0 0.0  0.5 0.5 0.0  0.0 0.5 0.0

运行，

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phonopy -p band.conf #获得band.yaml
phonopy-bandplot --gnuplot band.yaml > band.dat #将band.yaml转为origin dat数据

注意

Total Time: 38.45 h

DFPT Force Constants方法

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phonopy -d --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell

将SPOSCAR为POSCAR，提交job.sh。

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phonopy --fc vasprun.xml
phonopy --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell -p mesh.conf
phonopy --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell -p band.conf
phonopy-bandplot --gnuplot band.yaml > band.dat

注意

Total Time: 41.59 h

报错

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QXcbConnection: Could not connect to display 
Aborted (core dumped)

解决

上述错误信息请直接忽略。

文档

第二版

离线安装

修改集群/root/.condarc，离线环境使用proxy，

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channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch-lts: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  deepmodeling: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/
proxy_servers:
  http: http://10.81.5.36:7890
  https: http://10.81.5.36:7890
ssl_verify: False

注意

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  https: http://10.81.5.36:7890

清理缓存，

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conda clean -i

运行

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pip install phonopy==2.9.0 --proxy=10.82.0.107:7890
conda install -c conda-forge phonopy
conda install -c conda-forge phono3py

注意

pip phonopy与conda phonopy都安装。

报错

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[root@master ~]# conda install -c conda-forge phono3py
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.

解决

多等几分钟即可。

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[root@master ~]# conda install -c conda-forge phono3py
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: - 
The environment is inconsistent, please check the package plan carefully
The following packages are causing the inconsistency:

下载Phonopy-Spectroscopy（可计算IR和Raman光谱），解压缩，并修改.bashrc，

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# Phonopy-Spectroscopy
export PYTHONPATH=${PYTHONPATH}:/opt/ohpc/pub/apps/Phonopy-Spectroscopy-master/lib
export PATH=${PATH}:/opt/ohpc/pub/apps/Phonopy-Spectroscopy-master/scripts

提升权限，

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# Phonopy-Spectroscopy
cd /opt/ohpc/pub/apps/Phonopy-Spectroscopy-master
chmod +x scripts/*

检查，

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phonopy-ir -h

目录

Phonopy声子谱

第一版

下载

安装

Force Calculators方法

DFPT Force Constants方法

文档

第二版

离线安装

参考