Pytorch
深度学习可以使用商业收费的Matlab2018b中自带的Deep Learning Toolbox，也可以使用第三方MatConvNet（需要mex编译）。 同时，也可以使用开源免费框架，比如TensorFlow和PyTorch。后续发展了基于TensorFlow的Auto-Keras（自动深度学习）和基于Pytorch的fastai（编辑的代码量减少）。 在Win10/Anaconda（Pyth …
吸收谱计算
VASP吸收光谱的计算： 1 SCF计算介电常数， 2 运行optics.sh获得REAL.in和IMAG.in，再使用VASPKIT根据介电常数虚部获得吸收光谱数据。 optics.sh+VASPKIT官网，此处提供下载。 参考： VASP 的光学性质计算及 vaspkit 的安装与使用
Phonopy
官方下载phonopy-1.12.8.4.tar.gz，安装及测试文件下载。需要Python2.7.x。 1 .bashrc # python 2 export PATH="/THFS/home/longr/soft/anaconda2/bin:$PATH" export PYTHONPATH=/THFS/home/longr/soft/anaconda2/lib/python2.7/site-p …
Bader Charge
使用 VASP 进行 Bader 电荷分析，可以得到原子周围的电子数，从而近似得到原子的化合价。 SCF计算，修改INCAR， LAECHG =.TRUE. 以MAPbI3为例，POTCAR， Element (and appendix) default cutoff ENMAX (eV) valency C C 400 4 N N 400 5 H H 250 1 Pb Pb_d 238 14 I …
差分电荷
差分电荷密度 (deformation charge density) : 成键后的电荷密度与对应的点的原子电荷密度之差。通过差分电荷密度的计算和分析，可以清楚地得到在成键和成键电子耦合过程中的电荷移动以及成键极化方向等性质。 Charge density difference of system AB: ∆ρ = ρAB − ρA − ρB MAPbI3 cif SCF计算输入文件： 1 INC …
氧化态、化合价和离子半径
下载以下文档。 PERIODIC TABLE OF ELEMENTS List of oxidation states of the elements List of oxidation states of the elements The Periodic Table of Oxidation States Table of Valences of the Elements Prices of …
NAMD软件
ESDS Pyxaid/Pyxaid2/Libra Alexey group Pyxaid Libra AkimovLab Hefei-namd PIMD DFTBaby NEXMD CPMD 2015 NA-ESMD Q-Chem TURBOMOLE ZN-TSH Newton-X SHARC2.0 JADE ANT
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Notepad++设置语法高亮
有些文件类型并不是以语言做区分，如dftb+的输入文件dftb_in.hsd、quantum espresso的输入文件*.in和*.py、*.c不同，如何让*hsd文件具有类似shell的语法高亮呢？ 打开~/npp.7.5.5/langs.xml，搜索"python"，修改， <Language name="python" ext="py pyw in hsd" commentLine= …
FFTW
FFTW是快速傅里叶变换库。下载fftw-3.3.8.tar.gz。 --enable-openmp表示使用openmpi编译，安装如下， ./configure --prefix=/root/bin/fftw3.3.8 --enable-shared --enable-openmp MPICC=mpicc && make -j 2 && make install …