Bader Charge
使用 VASP 进行 Bader 电荷分析，可以得到原子周围的电子数，从而近似得到原子的化合价。 SCF计算，修改INCAR， LAECHG =.TRUE. 以MAPbI3为例，POTCAR， Element (and appendix) default cutoff ENMAX (eV) valency C C 400 4 N N 400 5 H H 250 1 Pb Pb_d 238 14 I …
差分电荷
差分电荷密度 (deformation charge density) : 成键后的电荷密度与对应的点的原子电荷密度之差。通过差分电荷密度的计算和分析，可以清楚地得到在成键和成键电子耦合过程中的电荷移动以及成键极化方向等性质。 Charge density difference of system AB: ∆ρ = ρAB − ρA − ρB MAPbI3 cif SCF计算输入文件： 1 INC …
氧化态、化合价和离子半径
下载以下文档。 PERIODIC TABLE OF ELEMENTS List of oxidation states of the elements List of oxidation states of the elements The Periodic Table of Oxidation States Table of Valences of the Elements Prices of …
NAMD软件
Pyxaid/Pyxaid2/Libra Alexey group Pyxaid Libra AkimovLab Hefei-namd PIMD DFTBaby NEXMD CPMD 2015 NA-ESMD Q-Chem TURBOMOLE ZN-TSH Newton-X SHARC2.0 JADE ANT
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Notepad++设置语法高亮
有些文件类型并不是以语言做区分，如dftb+的输入文件dftb_in.hsd、quantum espresso的输入文件*.in和*.py、*.c不同，如何让*hsd文件具有类似shell的语法高亮呢？ 打开~/npp.7.5.5/langs.xml，搜索"python"，修改， <Language name="python" ext="py pyw in hsd" commentLine= …
FFTW
FFTW是快速傅里叶变换库。下载fftw-3.3.8.tar.gz。 --enable-openmp表示使用openmpi编译，安装如下， ./configure --prefix=/root/bin/fftw3.3.8 --enable-shared --enable-openmp MPICC=mpicc && make -j 2 && make install …
Openmpi
Openmpi是并行库，类似Intel编译器中的MPI。下载openmpi-1.8.8.tar.gz。 安装， ./configure -prefix=/root/bin/openmpi1.8.8 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort F90=ifort && make -j 2 && make install 在.bashrc中添加 …
Intel编译器
Intel编译器比GCC性能更加优异，且包含MPI并行库和MKL数学函数库。这里介绍Intel 2015和2017编译器的安装。2018版本需要GUI安装。基于Intel编译器安装其他软件时，编译选项可以参考Intel® Math Kernel Library Link Line Advisor。 Intel 2015 编译fftw，生成libfftw3xf_intel.a， cd /opt/in …
Torque
Centos7安装-多节点Torque Centos 7, Torque 单节点部署 Centos7安装-单节点Torque 单机centos编译安装使用PBS torque