材料基因工程

数据库

• COD | Crystallography Open Database

  开放获取有机、无机、金属有机化合物和矿物晶体结构的结构数据，不包含生物大分子。

• Materials Project

  新站

  通过计算所有已知材料的属性，材料项目旨在消除各种应用中材料设计中的猜测。

• 2D Materials Encyclopedia

  2D材料数据库（包含cif和分解焓）。

• CMR project

  • Computational 2D Materials Database (C2DB)

    2D材料数据库（包含cif、分解焓和带隙）。

• NIST Chemistry WebBook

  热化学数据、光谱数据。

• Materials Cloud

  3D晶体数据库、2D晶体数据库、碳捕获有机框架、甲烷存储有机框架等。

• 2D Perovskites Database-NMSE

  2D钙钛矿数据库（包含cif和带隙）。

• PubChem

  有机小分子生物活性数据库。

• A hybrid organic-inorganic perovskite dataset

  钙钛矿数据库（包含cif和带隙）。

• Catalysis-Hub

  催化反应数据库。

• Open Catalyst Project

  催化反应数据库（包含初始结构-弛豫能量、初始结构-弛豫结构、初始结构-弛豫轨迹）。

• DOSnet

  DOS-催化剂吸附能数据库（无输入文件）。

• QMOF

  MOF带隙数据库（输入文件有cif和SMILES格式）。

数据库对接工具

• matminer

  40+现成数据集的一站式访问；将复杂材料属性转换和特征化为数字描述符。

• ASE | Atomic Simulation Environment

  结构转换、DFT计算等。

• Pymatgen

  结构转换、DFT计算、高通量结构转换、与Materials Project联用等。

描述符

• SISSO

  一种结合符号回归和压缩感知的数据驱动方法。

• DScribe

  Coulomb matrix、Sine matrix、Ewald matrix等。

• PyUUL

  将生物结构转换为3D张量。

• Atom2Vec

• DescriptorZoo.jl

  提供SOAP、ACSF变体描述符。

• ASPH

• soap_turbo

• RDKit

  根据分子SMILES，获得TPSA、logP等描述符。

  在RDKit基础上开发的qed。

• PoreBlazer

  MOF材料描述符。

• DeepModeling社区

  DeePMD-kit

  DeePKS-kit

• XenonPy

• PF-OHIP

  拓扑描述符。

• EQeq

  电荷平衡方法。

• mofdscribe

  MOF材料描述符，基于Matminer。

• ACE-GCN

  吸附性质+图卷积神经网络。

• GASpy

  计算吸附能。

图神经网络

• GATGNN

• CGCNN

  AugLiChem: CGCNN k-fold cross validation

  MT-CGCNN

  KGCNN

  OGCNN

  CrysNet | MatDGL

  automatminer

• MEGNet

• SchNetPack

• Matformer

• alignn

• Spektral

• PyG

• DGL

• Graph Nets

• keras-gcn

• GNNkeras

数据可视化

• python-tabulate

  打印表格数据。

• Joblib

  dump或load模型。

• shap

  显示Shapley值。

• dtreeviz

  决策树可视化。

• Scikit-plot

  结果可视化。