材料基因工程
数据库
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COD | Crystallography Open Database
开放获取有机、无机、金属有机化合物和矿物晶体结构的结构数据，不包含生物大分子。
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通过计算所有已知材料的属性，材料项目旨在消除各种应用中材料设计中的猜测。
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2D材料数据库（包含cif和分解焓）。
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Computational 2D Materials Database (C2DB)
2D材料数据库（包含cif、分解焓和带隙）。
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热化学数据、光谱数据。
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3D晶体数据库、2D晶体数据库、碳捕获有机框架、甲烷存储有机框架等。
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2D钙钛矿数据库（包含cif和带隙）。
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有机小分子生物活性数据库。
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A hybrid organic-inorganic perovskite dataset
钙钛矿数据库（包含cif和带隙）。
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催化反应数据库。
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催化反应数据库（包含初始结构-弛豫能量、初始结构-弛豫结构、初始结构-弛豫轨迹）。
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DOS-催化剂吸附能数据库（无输入文件）。
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MOF带隙数据库（输入文件有cif和SMILES格式）。
数据库对接工具
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40+现成数据集的一站式访问；将复杂材料属性转换和特征化为数字描述符。
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ASE | Atomic Simulation Environment
结构转换、DFT计算等。
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结构转换、DFT计算、高通量结构转换、与Materials Project联用等。
描述符
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一种结合符号回归和压缩感知的数据驱动方法。
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Coulomb matrix、Sine matrix、Ewald matrix等。
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将生物结构转换为3D张量。
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提供SOAP、ACSF变体描述符。
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根据分子SMILES，获得TPSA、logP等描述符。
在
RDKit基础上开发的qed。 -
MOF材料描述符。
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拓扑描述符。
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电荷平衡方法。
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MOF材料描述符，基于
Matminer。 -
吸附性质+图卷积神经网络。
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计算吸附能。
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提供描述符Bispectrum coefficients、Behler Parrinello symmetry functions等。
图神经网络
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Periodic Graph Transformers for Crystal Material Property Prediction
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Chainer Chemistry: A Library for Deep Learning in Biology and Chemistry
数据可视化
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打印表格数据。
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dump或load模型。 -
显示
Shapley值。 -
决策树可视化。
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结果可视化。