FFTW安装

从官网下载fftw-3.3.8.tar.gz

--enable-openmp表示使用openmpi编译。

./configure --prefix=/root/bin/fftw3.3.8 --enable-shared --enable-openmp MPICC=mpicc && make -j 2 && make install

.bashrc添加,

export PATH=/root/bin/fftw3.3.8/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/root/bin/fftw3.3.8/lib:$LD_LIBRARY_PATH

小说

《斗破苍穹》天蚕土豆

这里是属于斗气的世界,没有花俏艳丽的魔法,有的,仅仅是繁衍到巅峰的斗气!
新书等级制度:斗者,斗师,大斗师,斗灵,斗王,斗皇,斗宗,斗尊,斗圣,斗帝。

《无极魔道》 逆苍天

无极魔宗本为魔道二流的门派,天玄大陆修道修魔的门派成千上万,二流门派根本不为世人所知,但丁浩的加入却让天下道门魔门都记住了无极魔宗这个接近三流的魔道小派!而无极魔君的名号也被冠于丁浩的头上。丁浩也成了无极魔宗五千年来第一个获得封号的人!魔道修真速度以快速闻名,但无极魔功的修炼功法不但在魔道眼中其慢无比,甚至连修道者功法的速度都不如,更看不出有何威力,就连无极魔宗门人自己都多数改修其它功法,但丁浩却让无极魔功的修炼速度提高了百倍不止,更在魔道中如彗星般夺目崛起。丁浩此人心狠手辣,冷酷嗜血,胆大包天,偏又意志坚定,心思慎密,狡猾如狐,绝对是修魔的上好人选啊!

《凌天传说》 风凌天下

我名凌天,我欲凌天!穿越到异世的武学天才,超卓的武功,绝世的智慧;且看凌天如何在异世只手舞风云,左右逢源、文武双绝、威动天下;造就一个永恒的凌天传说!翻云覆雨天假手,兴衰两世我独狂!谈笑之中风云舞,剑气凌风任飞扬!

Notepad++设置特定文件语法高亮

有些文件类型并不是以语言做区分,如dftb+的输入文件dftb_in.hsd、quantum espresso的输入文件*.in和*.py、*.c不同,如何让*hsd文件具有类似shell的语法高亮呢?

打开~/npp.7.5.5/langs.xml,搜索"python",修改,

<Language name="python" ext="py pyw in hsd" commentLine="#">

注意,关闭修改过的langs.xml文件才会生效。

Openmpi安装

从Openmpi官方下载openmpi-1.8.8.tar.gz

./configure -prefix=/root/bin/openmpi1.8.8 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort F90=ifort && make -j 2 && make install

.bashrc添加,

export PATH=/root/bin/openmpi1.8.8/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/root/bin/openmpi1.8.8/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/root/bin/openmpi1.8.8/share/man:$MANPATH
#export OMP_NUM_THREADS=2

运行

mpirun -np 2 --allow-run-as-root

Quantum Espresso安装

环境:CentOS-7-x86_64-Minimal,Intel® Parallel Studio XE 2015。

下载q-e-qe-6.2.0.tar.gz

cd ./soft/qe6.2/
./configure --with-scalapack=intel F90=mpiifort F77=mpiiort CC=mpicc MPIF90=mpiifort LAPACK_LIBS="/opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/lib/intel64/libmkl_lapack95_lp64.a"  FFT_LIBS="/opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a"
make pw -j 2 && make cp -j 2 && make neb -j 2 && make ph -j 2 && make pp -j 2 && make pwcond -j 2 && make ld1 -j 2 && make xspectra -j 2 && make upf -j 2 && make epw -j 2 && make plumed -j 2

注意:F90/F77/FC=mpiifort而不要写ifort。make upf -j 2 && make epw -j 2对于qe6.3报错。

修改.bashrc,

export PATH=$PATH:/root/soft/qe6.2/bin
source .bashrc

https://dalcorso.github.io/pslibrary/下载pslibrary.1.0.0.tar.gz,

修改QE_path,

PWDIR='/root/soft/qe6.2'
. ./make_all_ps

运行,

mpirun -n 2 pw.x <relax.in> relax.out

参考

官方参考文档

Quantum-Espresso 6.1のインストールメモ(Linux Fedora25) 2017/04/29

VASP安装

环境:CentOS-7-x86_64-Minimal,Intel® Parallel Studio XE 2015。

以vasp5.4.4为例。

修改makefile,makefile.include,src/constr_cell_relax.F,运行,

chmod -R 777 ./* && make all

修改.bashrc,

#vasp
export PATH=$PATH:/root/soft/vasp.5.4.4/bin
ulimit -s unlimited

运行任务,以Si为例,

mpirun -np 2 vasp_std > log

禁用Win10任务栏预览

1 按下WIN+R调出运行,然后输入 regedit 回车进入到注册表编辑器。

2 定位到:HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced。

3 创建一个名称ExtendedUIHoverTime 的 32位DWORD值,将其值设置为9000。

4 再定位到:HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Taskband。

5 创建一个名称NumThumbnails的32位DWORD值,将其值设置为0。

参考

取消win10任务栏预览框,关掉任务栏缩略图

Centos7

下载镜像CentOS-7-x86_64-Minimal-1708.iso。

在vmware虚拟机中安装镜像前,修改网络适配器-桥接模式。

安装SSH

cd /etc/sysconfig/network-scripts/
vi ifcfg-ens33
ONBOOT=yes
service network restart
yum install openssh-server net-tools -y

有时ifconfig会失效,卸载net-tools,然后重新安装net-tools即可解决问题。

安装组件

yum install epel-release -y && yum install yum-axelget -y
yum install gcc gcc-c++ gcc-gfortran -y
yum install wget make gdb cmake git zip uzip java-1.8.0-openjdk -y
yum install python-pip -y
yum install ntpdate -y&&ntpdate time.windows.com && hwclock -w
rpm --import https://www.elrepo.org/RPM-GPG-KEY-elrepo.org
rpm -Uvh http://www.elrepo.org/elrepo-release-7.0-3.el7.elrepo.noarch.rpm
timedatectl set-timezone Asia/Shanghai # 设置系统时区为上海

查看硬盘和文件大小

df -h   #查看硬盘
du -hs   #查看文件夹

显示所有进程

top -bn1

Torque安装

Centos7安装-多节点Torque

Centos 7, Torque 单节点部署

Centos7安装-单节点Torque

单机centos编译安装使用PBS torque

MKL环境变量

编译fftw,生成libfftw3xf_intel.a,

cd /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/interfaces/fftw3xf
make libintel64
#intel2015 mkl
source /opt/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh
export PATH=/opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/intel64:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/interfaces/fftw3xf:$LD_LIBRARY_PATH
export MKLROOT=/opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl

#intel2015 mpi
source /opt/intel/impi/5.0.1.035/intel64/bin/mpivars.sh
export PATH=/opt/intel/impi/5.0.1.035/intel64/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/impi/5.0.1.035/intel64/lib:$LD_LIBRARY_PATH

西安电子科技大学-高性能计算中心

JI Cluster 使用指南

Intel® Math Kernel Library Link Line Advisor

Vim使用

vim使用,进入编辑模式,

i

esc退出到normal模式,

:wq   #保存退出
:q!   #不保存退出

VASP激发态INCAR

for non spin polarization

if

nelect=8
nbands=8
nkpts=1

say we want to occupy the first 3 bands, leaving the following 2 half occupied and the remaining empty

FERWE = 3*1 2*0.5 3*0

for spin polarization

FERWE = 5*1 3*0 (spin up)
FERDO = 3*1 5*0 (spin down)

In the case where there is more than one irreducible kpoint

for instance NKPTS = 3

no spin

FERWE = 3*1 2*0.5 3*0 3*1 2*0.5 3*0 3*1 2*0.5 3*0 i.e. repeats the definition of occupation you want for each k-point

spin

FERWE = 5*1 3*0 5*1 3*0 5*1 3*0 (spin up)
FERDO = 3*1 5*0 3*1 5*0 3*1 5*0 (spin down)

参考:

FERWE & FERDO tags

question about FERWE and FERDO

Removing a Specific electron

Easy manual occupancy of Kohn-Sham levels with FERWE and FERDO

软件

福昕企业版 7.3.18

PDF阅读器,高亮文本可以用鼠标二次选中。Acrobat DC连续版,多标签功能不错,但高亮文本无法用鼠标二次选中。Sumatra PDF比较轻巧,相比前面两款,它没有编辑功能,但可以打开DjVu格式文件,文本渲染也更好。

GoldWave 5.67

音乐编辑器。类似不错的有Adobe Audition CS6。

Adobe

Adobe Photoshop CS6

图像处理王者。之前也用过PhotoFiltre很长时间,轻巧,新版本也有图层处理,更喜欢旧版。

下载地址

下载 Acrobat DC | 非订阅

下载 Acrobat DC | 企业期限或 VIP 许可证

Adobe其他下载

Creative Cloud 应用程序 | 直接下载

下载旧版本的 Creative Cloud 应用程序

任务栏图标异常解决方法

关闭 adobe reader,到 c:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\ 目录,删除 adobe reader 的快捷方式链接,重新打开reader就可以了。

FastStone Capture

最好用的截图软件。

FreeFileSync

文件备份工具。

Notepad++

轻巧方便,Win下的利器。Sublime Text 3,颜值高,功能强大,轻巧。Visual Studio Code也不错,但C语言编译后中文乱码,虽然可以在cmd中更改格式,但还是有些不便,新版64位也解决了打开某些大文件出错,但支持的格式不多;但代码自动补全逻辑很赞。Java推荐Eclipse,虽然知乎上很多推荐IntelliJ IDEA,但实测自己更喜欢Eclipse。

Dukto

官网,局域网传输软件。

Hash

md5查看软件,官网

ABBYY FineReader

OCR软件。

Colors

取色软件。

ScreenToGif 2.1

录屏转gif。

iSlide

PPT多功能插件,比如一键替换字体。

MathType

Word公式编辑软件。注意:该软件与adobe字体有冲突,删除adobe的字体。

OfficeTab Enterprise v12.0

解决Office无多标签的痛点。

tdm64-gcc-5.1.0-2

Win下c/c++64位编译器。

UltraISO v9.66.3300

虚拟光驱,也可以制作u盘启动盘。

Chrome

浏览器,离线下载,虽然字体渲染不如ie,但插件好用。uBlock比较不错。

Tampermonkey(油猴)扩展主页

Internet Download Manager

下载软件。

文件搜索工具

everything。其他还有listary

MarkdownPad

MarkDown编辑器,类似的有Mou。

ESET

ESET NOD32 LICENSE KEY UPDATE EVERY DAY

KEYS FOR ESET NOD32